IDENTIFIKASI BAKTERI PORPHYROMONAS ENDODONTALIS PADA INFEKSI SALURAN AKAR MELALUI ANALISIS GEN 16S rRNA
DOI:
https://doi.org/10.32509/jitekgi.v19i2.2395Keywords:
Gen 16s rRNA, Porphyromonas endodontalis, bakteri pigmen hitam, polymerase chain reaction, infeksi saluran akar, kultur bakteriAbstract
Latar belakang: bakteri Porphyromonas endodontalis merupakan bakteri batang, pigmen hitam Gram-negatif yang kehadirannya dalam saluran akar umumnya dikaitkan dengan periodontitis, gingivitis, dan nekrosis pulpa. Bakteribakteri pigmen hitam umumnya sulit didapat dengan metode kulturisasi konvensional dikarenakan kulturisasi dengan kondisi anaerob obligat sangat memakan waktu dan memerlukan kondisi kultur yang rumit. Metode analisis gen 16S rRNA merupakan metode yang digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri pathogen pada specimen klinis dengan cara menduplikasi DNA dan mengidentifikasi DNA bakteri target. Tujuan: penelitian ini merupakan penelitian deskriptif yang bertujuan untuk mengidentifikasi bakteri Porphyromonas endodontalis pada saluran akar terinfeksi secara in vitro dengan menggunakan metode analisis gen 16s rRNA. Metode: spesimen sampel didapat dari pasien RSGM Universitas Trisakti Jakarta yang melakukan perawatan saluran akar dengan diagnosis nekrosis pulpa. Spesimen koloni bakteri yang dicurigai sebagai bakteri pigmen hitam Gram-negatif anaerob disubkultur hingga ditemukan koloni bakteri murni yang berwarna hitam kehijauan atau kecoklatan. Setelah itu diidentifikasi dengan menggunakan polymerase chain reaction (PCR), pengecatan Gram, morfologi koloni dan mikroskopik. Identifikasi PCR dengan kontrol menggunakan bakteri Porphyromonas endodontalis strain ATCC® 35406D-5TM dan primer forward ( 5’-GCT-GCA-GCT-CAA-CTGTAG-TCT-TG-3’) serta primer reverse Porphyromonas endodontalis (5’-TCA-GTG-TCA-GAC-GGA-GCC-TAGTAC-3’). Hasil: hasil amplifikasi divisualisasikan melalui UV-Transluminator. Pemeriksaan elektroforesis DNA pada sampel memperlihatkan pita yang berada sangat mendekati nilai 500 bp yang diduga merupakan bakteri Porphyromonas endodontalis pada saluran akar. Kesimpulan: hasil penelitian memperlihatkan terdapat bakteri Porphyromonas endodontalis di dalam saluran akar spesimen sampel. Metode PCR yang mentargetkan gen 16S rRNA merupakan cara yang efektif dan efisien dalam mengidentifikasi bakteri yang sulit untuk didapatkan melalui metode kulturisasi seperti bakteri pigmen hitam Porphyromonas endodontalis.References
Devi K, Priya V, Gayathri R. Evaluation of inflammatory
markers in endotoxins induced root canal infection.
Drug Invention Today Vo. 10. 2018. Hal 887-91
Martinho FC, Gomes BP. Quantification of endotoxins
and cultivable bacteria in Root canal infection before and
after chemomechanical preparationwith 2.5% Sodium
hypochlorite. Journal of Endodontic. Vol. 34. 2008. Hal
-72
Cao H H, Qi ZZ, Jiang H H, et.al. Detection of
Porphyromonas endodontalis, Porphyromonas gingivalis,
and Prevotella intermedia in primary endodontic infections
in a Chinese population. International Endodontic
Journal. 2012:45 (8), 773-81
Asao, K. Pathogenic factors of Porphyromonas
endodontalis. Dental Journal of Iwate Medical University,
(3). 2002: 187-196
Blanca T, Bedran L, et. al. Porphyromonas endodontalis
in chonic periodontitis: a clinical and mocrobiological
cross-sectional study. Journal of Microbiology, 2012: 4
Kumar PS, Griffen AL, Barton JA, Paster BJ,
Moeschberger ML, Leys EJ. New bacterial species
associated with chronic periodontitis. J Dent Res 2003;
: 338_44.
New W.D, Pryce M.T. Meningitis caused by
Porphyromonas endodontalis detected by PCR
amplification and sequencing of 16S rRNA genes direct
from cerebrospinal fluid and cerebral tissue. JMM Case
Reports. 2015. 1-4
Li, Xiaojing., Kolltveit M. K, Tronstad Leif, Olsen Ingar.
Systemic disease caused by oral infection. Clinical
microbiology reviews. 2000. 547-58.
Fouad F Ashraf. Endodontic Microbiology Second
Edition. John Wiley & Sons, Inc: USA. 2017. 400
Gomes B.P.F.A, Jacinto R.C, Pinheiro E.T, et.al.
Porphyromonas gingivalis, Porphyromonas endodontalis,
Prevotella intermedia and Prevotella nigrescens in
endodontic lesions detected by culture and by PCR. Oral
Microbiology Immunol. 2005: 20: 211-215
Siqueira Junior JF, Rôças IN. Bacterial pathogenesis
and mediators in apical periodontitis. Braz Dent J. Vol.
(4): 2007. 267-80.
van Winkelhoff AJ, Martijn van Steenbergen TJ, de
Graaff J. Porphyromonas (Bacteroides) endodontalis: Its
role in endodontal infections. J. Endod. 1992:18(9); 431-
DOI: 10.1016/s0099-2399(06)80843-5
Zhuang, B. (2013). Microfluidic Devices for Biomedical
Applications || Integrated microfluidic systems for genetic
analysis, 465–494e. doi:10.1533/9780857097040.4.465
Gomes B.P.F.A, Herrera D.R. Etiologic role of root canal
infection in apical periodontitis and its relationship with
clinical symptomatology. Braz Oral Res. Vol.32 (suppl):
e69. 2018. 82-110.
Hayati. N, Widyarman A.S, Roeslan B.O. Effectiveness
of Grapefruit (Citrus paradisi) and Lime (Citrus
aurantifolia) Against Pathogenic Root Canal Biofilms.
International Journal of Pharmaceutical Research. 2020;
Vol 12:Issue 3.
Rampini SK, Bloemberg GV, Keller PM, Büchler AC,
Dollenmaier G, Speck RF, Böttger EC. Broad-range 16S
rRNA gene polymerase chain reaction for diagnosis of
culture-negative bacterial infections. Clin Infect Dis.
Dec;53(12):1245-51.
Fouad AF, Barry J, Caimano M, Clawson M, Zhu Q,
Carver R, Hazlett K, Radolf JD. PCR-based identification
of bacteria associated with endodontic infections. J Clin
Microbiol. 2002 Sep;40(9):3223-31.
Lee PY, Costumbrado J, Hsu CY, Kim YH. Agarose gel
electrophoresis for the separation of DNA fragments.
J Vis Exp. 2012 Apr 20;(62):3923. doi: 10.3791/3923.
PMID: 22546956; PMCID: PMC4846332.
Siquiera Jr J.F, Rocas I.N, Oliveira J.C.M, Santos K.R.N.
Molecular Detection of Black-pigmented Bacteria in
Infection of Endodontic Origin. JOE. Vol.27 Issue 9,
September 01, 2001. P.563-6.
. Lynnetta J. Odell, J. Craig Baumgartner, Tian Xia,
Larry L. David, Survey for collagenase gene prtC
in Porphyromonas gingivalis and Porphyromonas
endodontalis isolated from endodontic infections.
Journal of Endodontics, Volume 25, Issue 8, 1999.Pages
-558.
Gholoobi A, Masoudi-Kazemabad A, Meshkat M,
Meshkat Z. Comparison of Culture and PCR Methods
for Diagnosis of Mycobacterium tuberculosis in
Different Clinical Specimens. Jundishapur J Microbiol.
Feb;7(2)
